Пищеварительная система у костистых рыб устроена немного сложнее, чем у хрящевых. Это связано прежде всего с различиями в рационе питания одних и других. Пищеварительная система рыб делится на три части: передняя (рот, глотка и пищевод), средний (желудок, тонкий кишечник, печень и поджелудочная железа, пищеварительные железы) и задний (толстый кишечник).
У рыб встречается три вида ротовой полости:
- хватательная – когда у хищных рыб имеются челюсти с острыми зубами;
- всасывающая – когда рот выглядит в виде всасывающей трубки (лещ);
- дробящая – когда челюсти усеяны крупными, но тупыми зубами (зубатка).
У некоторых планктоноядных видов рыб (сельди, толстолобика и др.) жаберный аппарат также участвует в пищеварительном процессе, удерживая мелкую живность и отправляя ее в желудок. Желудок есть у всех рыб, кроме карповых. Кишечник может быть разной длины, в зависимости от характера питания рыбы. У травоядных он длиннее, у хищников – короче.

В кишечнике у некоторых видов рыб имеют пилорические придатки – особые выросты, которые увеличивают всасывательную способность кишечника и позволяют поглощать максимальное количество питательных веществ из пищи. Слюнных желез у рыб нет. Пища переваривается с помощью ферментов, которые выделяются поджелудочной железой, печенью и железами кишечника.